ขั้นตอนนี้ใช้เพื่อรักษาแบคทีเรียในลำไส้

ขั้นตอนนี้ใช้เพื่อรักษาแบคทีเรียในลำไส้ที่ดื้อต่อยาปฏิชีวนะ clostridium difficile ซึ่งสามารถติดเชื้อในลำไส้และทำให้เกิดอาการท้องร่วงได้ สุขอนามัย แม้ว่าจะไม่มีหลักฐานแน่ชัดเกี่ยวกับกลไกพื้นฐาน แต่เชื่อว่าการปลูกถ่ายจะเติมไมโครไบโอมที่มีแบคทีเรียหลากหลายชนิดซึ่งช่วยในการต่อสู้กับแบคทีเรีย