การดื้อต่อยาต้านไวรัสอาจมีแนวโน้มสูงขึ้นในผู้ป่วยโรคซิสติกไฟโบรซิส

ยาที่เรียกว่าแกนซิโคลเวียร์มอบให้กับผู้ป่วยที่ปลูกถ่ายปอดเพื่อป้องกันไวรัสที่คุกคามชีวิตซึ่งพบได้บ่อยหลังการปลูกถ่ายแกนซิโคลเวียร์ช่วยลดอัตราการเสียชีวิตเนื่องจากไวรัสจาก 34 เปอร์เซ็นต์เป็นระหว่าง 3 ถึง 6 เปอร์เซ็นต์ แต่ระหว่างร้อยละ 5 ถึงร้อยละ 10 ของผู้ป่วยที่ติดเชื้อไวรัสมีสายพันธุ์ที่ดื้อต่อยา การศึกษาของ ศูนย์การแพทย์มหาวิทยาลัย Loyola พบว่าการดื้อยาดังกล่าวอาจเกิดขึ้นบ่อยกว่าในผู้ป่วยโรคซิสติกไฟโบรซิส แหล่งข่าวจาก ยา พบว่าผู้ป่วยเหล่านี้มีปริมาณยาในกระแสเลือดไม่เพียงพอ ทำให้ไวรัสสามารถแพร่พันธุ์ได้อย่างต่อเนื่อง ซึ่งอาจเพิ่มโอกาสเกิดการกลายพันธุ์และเกิดการดื้อยาได้